LCC tarptautinis universitetas centrinę būstinę turi Lietuvoje, o finansuojamas yra iš labdaros fondų, daugelis kurių įsikūrę Šiaurės Amerikoje. Svarbus ir ilgalaikis strateginis LCC ryšys su Lietuvos krikščioniškuoju fondu. Dalis čia dirbančių dėstytojų atstovauja krikščioniškoms misijoms, tačiau didelę darbuotojų dalį sudaro ir samdyti specialistai iš Lietuvos ir Šiaurės Amerikos. LCC veikia laikantis visų etikos kodo ir skaidrumo principų; universiteto veikla tiek Lietuvoje, tiek JAV yra nuolat audituojama.
Universiteto valdymas yra dvejopas. Universiteto veiklos teisinis pagrindas - Statutas (naujausia redakcija 2011 m. spalio 4 d.). Strateginius sprendimus priima dukart per metus Klaipėdoje susitinkanti nepriklausoma Direktorių Taryba, kurioje yra atstovų ir iš Lietuvos, ir iš Šiaurės Amerikos. Vykdomoji valdžia sutelkta rektoriaus asmenyje. LCC organizacinė struktūra atitinka įprastą Šiaurės Amerikos-Kanados modelį, kuriame svarbių funkcijų įgyvendinimą atlieka šie padaliniai: akademinis, finansų, personalo, rinkodaros ir priėmimo, studentų visuomeninio ugdymo bei plėtros skyriai.





